原来在乾隆十三年这次东巡途中，乾隆皇帝最心爱的孝贤皇后富察氏在济南忽然微感寒疾，本来休息了几天，已感觉逐渐痊愈，因为担心久驻劳众，于是就劝乾隆回銮，乾隆也以为皇后的寒疾已基本痊愈，途中也可以随时休息，于是便车驾还京。可是没想到，三月十一日，当乾隆一行到达山东省边界的德州弃车登舟伊萨狗粮河间代理、沿运河从水路回京时，年仅37岁孝贤皇后却忽遭变故，于当晚亥时病死于船上。乾隆帝立即将皇后病死的消息上奏给了皇太后，皇太后亲自到皇后船上临视了孝贤皇后，“悲恸良久”。随后，乾隆帝命庄亲王允禄、和亲王弘昼，恭奉皇太后御舟缓程回京，自己在德州料理孝贤皇后丧事，并谕告天下：“……言念大行皇后，乃皇考恩命作配朕躬。二十二年以来，诚敬皇考，孝奉圣母，事朕尽礼，待下极仁，此亦宫中府中所尽知者。今在舟行，值此事故，永失内佐，痛何忍言？昔古帝王尚有因巡方而殂落在外者，况皇后随朕事圣母膝下，仙逝于此，亦所愉快。一应典礼，至京举行。布告天下，咸使闻知。”

三月十四日，乾隆帝护送孝贤皇后的梓宫到天津。皇长子永璜在此迎驾。三月十六日未刻，孝贤皇后梓宫到达通州，暂安在芦殿内。在京亲王以下伊萨狗粮河间代理、三品官以上齐集通州。皇子们在孝贤皇后梓宫前祭酒，举哀行礼。当天戌刻，孝贤皇后梓宫到京。文武官员及公主、王妃以下，大臣官员、命妇，内府佐领内管领下妇女分班齐集，缟服跪迎。由东华门入苍震门，奉安梓宫于孝贤皇后生前居住的长春宫。三月二十五日，孝贤皇后梓宫奉移景山观德殿暂安，后又迁至静安庄，一直至乾隆十七年十月十三日辰时，才移梓宫至直隶遵化州清东陵。十月二十七日，孝贤皇后梓宫奉安于胜水峪地宫。

乾隆皇帝在位时间比较长，一生中他身边共有四十一位后妃，其中有三位皇后、五位皇贵妃、五位贵妃、六位妃、六位嫔、十二位贵人、四位常在（清朝的后妃，到了康熙年间才有了定制，共分八个等级伊萨狗粮河间代理。即皇后、皇贵妃、贵妃、妃、嫔、贵人、常在、答应。在同一个时间内，只有一位皇后、一位皇贵妃、两位贵妃、四位妃、六位嫔，常在、答应无定数），而孝贤皇后是乾隆皇帝最钟爱的一位，因此，乾隆帝对皇后意外去世感到无比悲痛，这一点从他给礼部的谕旨中也可见一斑：“皇后富察氏，德钟勋族，教秉名宗，作配朕躬二十二年。正位中宫一十三载，逮事皇考克尽孝忱，上奉圣母，深蒙慈爱。问安兰殿，极愉婉以承欢；敷化椒涂，佐忧勤而出治。性符坤顺，宫廷肃敬慎之仪；德懋恒贞，图史协贤明之颂。覃宽仁以逮下，崇节俭以褆躬。此宫中府中所习知，亦亿人兆人所共仰者。兹于乾隆十三年三月十一日崩逝，睠惟内佐，久籍赞襄。追念懿规，良深痛悼。宜加称谥，昭茂典于千秋；永著徽音，播遗芳于奕禩。从来知臣者莫如君，知子者莫如父，知妻者莫如夫。朕作赋皇后挽诗，有‘圣慈深忆孝，宫壶尽称贤’之句，思惟‘孝贤’二字之嘉名，实该皇后一生之淑德。应谥为孝贤皇后，所有应行典礼，尔部照例奏闻。”此外，乾隆的《御制诗集》中追怀孝贤的篇章很多，多达百余首，其中有约80处直接提及已故的孝贤皇后，都是“忍诵关雎什，朱琴已断弦……愁喜惟予共，寒暄无刻忘……一女悲何恃，双男痛早亡。不堪重忆旧，掷笔黯神伤”、“因参生死俱归幻，毕竟恩情总是空。廿载同心成逝水，两眶血泪洒东风。早知失子兼亡母，何必当初盼梦熊”等倍极哀痛之文辞。据《清实录》及《御制诗集》，从十三年四月起，乾隆帝持续48年至孝贤皇后的灵前亲自酹酒共约百次，最后一次去他已86岁高龄。孝贤皇后葬在裕陵，往返一次要几天的时间，非常辛苦，而乾隆不仅去，而且每次去时还为孝贤吟咏一首又一首情深义重的诗作，时而述说内心衷情，时而分享宫中大事。

由于孝贤皇后是在济南发病而薨伊萨狗粮河间代理，所以乾隆帝怕触景生情（其实每次过济南时虽未入城，但情也没免了伤），在孝贤皇后卒后曾九过济南而不入，并多次作诗悼之，如乾隆十六年 [辛未，1751]，乾隆奉皇太后南巡途中，再次经过济南时，即作《过济南杂诗》三首云：“曲阜春巡忆戊辰，同扶凤辇侍慈亲。行宫抱疾催旋辔，犹恐怀归劳众人。”“大明湖已是银河，鹊驾桥成不再过。（戊辰咏鹊华桥有“若把鹊桥比灵鹊”之句，遂成诗谶云。）付尔东风两行泪，为添北渚几分波。（大眀湖在行宫之北。）”“徧翻彤史若齐贤，五日登舟咏断弦。（戊辰自济南回銮，五日登舟，即遭先皇后大故，朕作挽诗，有“朱琴已断弦”之句。）南幸奉亲重设阃，那能遽忘济城边？”“清明节故断魂天，华注何堪重忆前？（戊辰春临是地，正值清明节。）却是山灵犹解事，连朝为我隐云烟。”其中多沉痛之语。

乾隆三十年 [乙酉，1765]，乾隆第四次南巡，途经济南时所作的《四依皇祖南巡过济南韵》一诗中亦有句云：“四度济南不入城，恐防一入百悲生伊萨狗粮河间代理。春三月昔分偏剧，十七年过恨未平。”四十五年（庚子，1780）第五次南巡，途经济南所作的《七依皇祖南巡过济南韵》一诗中亦有句云：“昔曾一驻济南城，过弗入徒余恨生（戊辰春驻济南，孝贤皇后于此遘疾，遂至不起，因不忍复至其地。后跸途屡经，率皆径过。）”乾隆四十九年（甲辰，1784），乾隆皇帝第六次南巡，在孝贤皇后去世后第八次路过济南，仍不忍入城，在这次途经济南时所作的《八依皇祖南巡过济南韵》中再次写到：“八度经过弗入城，未为禅理契无生。（戊辰春初次东巡，驻跸济南，孝贤皇后于此违疾，遂至不起。嗣后自辛未逮今甲辰，凡八度经过，皆弗入城，合之生本无生之说，尚觉未忘芥蒂耳。）”即使事情已经过了近三十年、乾隆已经成了一位80岁的老人了，在乾隆五十五年（庚戌，1790）第五次东巡山东、第九次经过济南城时，乾隆皇帝仍念念不忘此痛，在当时所作的《九依皇祖过济南韵》一诗中写到：“即今九过济南城，奎韵十全太熟生。（向作叠韵诗至九叠，则为十全，不复赓韵，继更有作，即拈他韵用之。）历下逝仙恨岂忘（去声）？八旬偕老意难平。（孝贤皇后于济南得病，遂不起，故每及之。）”